Ein wenig Heureka, also nachdem ich den vendor Ordner (vor Update) rein kopiert habe, funktionierte das Back- und Front- End wieder, allerdings in der oxid Version 6.2.1-
Dann habe ich nach Anleitung von oxid docs das update auf 6.3.0 durchgeführt, Backend und Frontend sind zumindest aufrufbar.
Allerdings wie zuvor bei zwei Backend Zweigen (Module und Diagnose) habe ich dennoch das Problem das anstatt die gewählte Funktion sich die Startseite des Shops öffnet. Wäre Toll dafür auch noch eine Lösung zu finden.