Danke für den Hinweis, er und der Source-Code von www.oxid-demo.de/ brachten mich auf die Lösung. 
Es gibt zwei Bereiche:
- Admin->Grundeinstellungen->SEO->Titel Präfix (dort steht ein Text) und
- Erweiterungen->Themes->Flow->Einstellungen->Logo->Dateiname des Logos im Header (dort stehen ohne weitere Angaben nur Dateiname.Endung)
und dazu gehörig noch die Größenangaben in px in zwei weiteren Feldern.
Mein Fehler war, mich bei Erweiterungen->Themes->Flow->Einstellungen->Logo->Dateiname des Logos im Header auf den Hinweistext hinter dem ? zu verlassen. In diesem steht: Relativ zu dem Pfad /out/wave/img/ .
Das ist ein Fehler, denn bei Benutzung von Flow-Theme muss es natürlich relativ zu dem Pfad /out/flow/img/ angegeben werden und dann auch dort liegen!