Hallo ihr Lieben,
da ich 2 Tage verzweifelt an der htaccess herumgeschraubt hatte um ne Ausnahmeregel fuer diese zu finden und gestern Nacht um 2 schon einen Hilfe-Post verfassen wollte und auf einmal auf des Raetsels Loesung gestossen bin, dachte ich mir ich poste das hier mal 
Problem war: Das Unterverzeichnis hatte immer umgeleitet auf den Shop
an meinem Beispiel (funktioniert jetzt):
hatte immer direkt auf:
nun musste ich eine Ausnahmeregel fuer den mod rewrite finden
und das war einfacher gesagt als getan…die meisste Rules die ich gefunden habe funktionierten nicht,
bis ich das hier eingebaut habe:
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine on
RewriteBase /
[B]RewriteCond %{REQUEST_URI} !/blog/[/B]
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?domain1\.de$ [NC,OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?domain1.com$ [NC,OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?domain2\.com$ [NC,OR]
RewriteRule ^(.*) http://www.domain.de/shop/$1 [L,R=301]
Der code gilt uebrigens noch fuer eine domain mit .de und .com und eine dritte domain
Falls ihr nur eine habt nur eine verwenden 
Hoffe ich kann euch damit helfen
falls es noch andere Ansaetze gibt immer her damit!