Ok, habe das herausgefunden. Sagt mir bitte, ob ich richtig liege…
Man öffnet die tpl-Datei zum Beispiel mit Notepad++ und löscht (wenn auch manuell) die Leerzeilen. Dann speichert man diese Datei. Wenn man dann die Datei noch einmal öffnet, sind die gelöschte Leerzeilen weg.
Eine Frage bleibt noch 
Wenn ich die abgeänderte Datein wieder auf den Server hochlade, wird das funktionieren, dass der Shop problemlos läuft und alle Leerzeilen gelöscht bleiben? Aber das finde ich noch raus, wenn ich soweit bin …