Wenn das Oxid in einem Sub Verzeichnis vom Magento liegt dann greift die .htaccess der Magento Installation wahrscheinlich auch im Oxid und zerschiesst dir alles.
habe grade das gleiche problem wollte mir magento mal anschauen habe es installiert und siehe da oxid ist tot auf unserem server sind 3 oxid shops gewesen alle 3 tot.