Die Frage ist wie kommen die Daten da rein, entweder hast du Migrations schon ausgeführt oder die Tabelle war von einem früheren Update-Versuch noch da. Im Update-Script migrate_ce_5_3_to_6_0.sql steht dieses drin:
INSERT IGNORE INTO `oxmigrations_ce` (`version`) VALUES
('20170718124421'), ('20171018144650');
Direkt nach dem Ausführen des Updatescripts sollten also nur zwei Werte drin stehen, und der Rest wird dann durch
vendor/bin/oe-eshop-db_migrate migrations:migrate
ausgeführt. Erst wenn das gleiche Kommando dann nochmal ausgeführt wird kommt:
“No migrations to execute”