Module Installation deinstalliert anderes Modul

Also das sollte funktionieren. Hast Du die Module vor dem Update vielleicht nicht deaktiviert? Migrationsbefehle ausgeführt?
Führe mal

delete from oxconfig where oxvarname in (
„aDisabledModules“,
„aLegacyModules“,
„aModuleFiles“,
„aModulePaths“,
„aModules“,
„aModuleTemplates“
);

aus. Damit sollten die alten Infos raus sein und nur die “anwesenden Module” lassen sich neu aktivieren.