Wenn Du den ionCube-Loader nur als Bestätigung für Composer brauchst, musst Du den nicht zwangsweise auch für CLI installieren. Du kannst in der composer.json Deines Projektes gewisse Vorgaben machen, die Composer dann ungeprüft übernimmt (z.B. abweichende PHP-Version, installierte Module…).
Details dazu kannst Du unter Falsche PHP-Umgebung für Installation korrigieren – Helpcenter nachlesen. Dort ist auch der Eintrag für ionCube drin.
Sollte jedoch ein encodedes Script direkt in der Konsole ausgeführt werden müssen, kommst Du um die ionCube-Installation nicht herum.