Eigentlich sollte es bei der Community Edition Version 6.3.0 mit z.B. Flow Theme Version 3.7.0 nicht angezeigt werden wenn keine Marke aktiv ist https://github.com/OXID-eSales/flow_theme/blob/v3.7.0/tpl/widget/footer/manufacturerlist.tpl#L4
Die Kategorien und Marken sind über die Theme Einstellungen leider miteinander verbunden https://github.com/OXID-eSales/flow_theme/blob/v3.7.0/tpl/layout/footer.tpl#L36
Daher wäre ein Weg über ein Child Theme und die Marken aus dem layout/footer.tpl Template entfernen.