Ok, dann willst wohl das Unterverzeichnis shop nutzen. Dazu musst einiges Anpassen, denn OXID erwartet source als Ordner. Hier gab es dazu mal eine Diskussion.
Nimm statt des Unterverzeichnisses die Subdomain shop.domain.de und verweise den Shop darauf. Ist einfacher.
Nachtrag: Oxid CE 6.2.3 Setup in Unterverzeichnis - #14 by arud